哪位大侠知道虚拟机中的Linux怎样安装一些软件程序以及怎样运行一些其他物理硬盘上的一些Java 程序

一下子问这么多，不累啊~
1. 关于eclipse，这个是开源的，一般linux发行版都会集成的，安装的时候选择就是了，或在从光盘的rpm中安装。至于.net，这个东东，不甚了解，呵呵，抱歉。
2. 关于exe可执行文件，这些二进制是针对windows平台的，所以在类unix系统里失效。开源借助模拟软件比如,wine来虚拟windows环境运行。
3. 关于播放器，由于linux是一个开源自由软件的集合系统，所以，对于商业上的非开源库和软件是不能集成到linux发行版的，不然，岂不是有辱linux的纯洁？！因此，你只有linux的多媒体播放器，却没有相应的解码器。ogg是linux里的标准开源格式，可以播放。建议你试试mplayer，他开源支持很多格式，但是，一般要从源码进行自己编译连接生成二进制的！既然足下是学软件出身的，这当然是小菜一碟了，不过要注意安装配置时的选项和安装完后的软件配置~这里就不多说了，google一下，很多教程呢！
4. 关于Windows远程登录linux，这个是好用就行，我个人习惯了putty。你也可以试试。

最后，我想说下关于安装linux应用程序的方式：
a. 源代码安装，去下载源代码自己配置编译安装，这个定制性强，但要解决头疼的依赖性问题，有时会很麻烦。建议对一个程序有了足够了解时用。一般代码开发者常用这种方式。
b. rpm或deb包安装，这是相对源码更简单点的。rpm是红帽子的杰作，deb是debian的用法，各有千秋，都是问解决linux安装应用程序而产生的。这会省去很多时间，免得自己去一步步编译和具体配置了。但是，不可避免的还是会遇到依赖性问题。一般管理员常用这种方式。
c. yum/yast/apt-get，这是redhat/opensuse/ubuntu(debian)等发行版在线升级的方式进行程序安装的。在线解决依赖性问题，十分方便。比如，yum -y install wine就可以帮你从源中自动搜索wine，根据你机器的具体情况进行自动安装!这是三种方式中最优越的！但是，要求联网。当然，还要有资源。这个是面对广大群众的，菜鸟的最爱！

好了，就说这么多吧~ 如果还有疑问，可以google一下，自己解决吧！以上只是个人的一些浅见，希望对你有用。

eclipse 我记得 Linux 下面有。

.NET 是微软公司的产品，他只支持在他的操作系统 Windows 里面运行，微软除了给自己的 Windows 写程序，也就只有 Mac 系统里面有几个程序了。
所以根本不可能在 Linux 下面用。

Linux 里面本来是不能运行 Windows 程序的，你只能借助 wine 来模拟运行一些 Windows 程序，但不是很完美。
注意 wine 不是模拟器，他应该是属于一个程序接口转换器。
所以他的效果要看他能转换多少程序库的接口。

1.下载源码编译
2.下载软件包安装，ubuntu还可以用apt-get自动下载安装

.net是windows的东西，eclipse安装jdk就能运行

恩 ubuntu 的最好用。
但 Fedora/RHAS 系列，网上可以下载的 rpm 更多些，是图形界面,双击就可安装。

去 http://software.opensuse.org/search搜搜 现在也许看不懂 以后还是很有用的...

1.简介
大多数Linux RPM软件包的命名有一定的规律，它遵循名称-版本-修正版-类型－MYsoftware-1.2 -1.i386.rpm 。
2.安装RPM包软件
＃ rpm -ivh MYsoftware-1.2 -1.i386.rpm
RPM命令主要参数：
-i 安装软件。
-t 测试安装，不是真的安装。
-p 显示安装进度。
-f 忽略任何错误。
-U 升级安装。
-v 检测套件是否正确安装。
这些参数可以同时采用。更多的内容可以参考RPM的命令帮助。
3.卸载软件
＃ rpm -e 软件名
需要说明的是，上面代码中使用的是软件名，而不是软件包名。例如，要卸载software-1.2.-1.i386.rpm这个包时，应执行：
＃rpm -e software
4.强行卸载RPM包
有时除去一个RPM是不行的，尤其是系统上有别的程序依赖于它的时候。如果执行命令会显示如下错误信息：
＃# rpm -e xsnow
error: removing these packages would break dependencies:
/usr/X11R6/bin/xsnow is needed by x-amusements-1.0-1
在这种情况下，可以用--force选项重新安装xsnow：
＃# rpm -ivh --force xsnow-1.41-1.i386.rpm
xsnow
这里推荐使用工具软件Kleandisk，用它可以安全彻底清理掉不再使用的RPM包。详细情况请查看2003年《开放系统世界》第12期。

5.安装.src.rpm类型的文件
目前RPM有两种模式，一种是已经过编码的（i386.rpm），一种是未经编码的（src.rpm）。
rpm --rebuild Filename.src.rpm
这时系统会建立一个文件Filenamr.rpm，在/usr/src/redflag/RPMS/子目录下，一般是i386，具体情况和Linux发行版本有关。然后执行下面代码即可：
rpm -ivh /usr/src/regflag/RPMS/i386/Filename.rpm
使用deb打包的软件安装
deb是Debian Linux提供的一个包管理器，它与RPM十分类似。但由于RPM出现得早，并且应用广泛，所以在各种版本的Linux中都常见到，而Debian的包管理器dpkg只出现在Debina Linux中。它的优点是不用被严格的依赖性检查所困扰，缺点是只在Debian Linux发行版中才能见到这个包管理工具。

后缀为.deb是Debain Linux提供的一种包封装格式；
后缀为.tar.gz、tar.Z、tar.bz2或
.tgz是使用Unix系统打包工具tar打包的；
后缀为.bin的一般是一些商业软件!

有很多软件不支持Linux 操作系统的。